Sekvenčný systém iseq 100

Prepis

1 Sekvenčný systém iseq 100 Sprievodca prípravo pracoviska Úvod 3 Dodanie a inštalácia 3 Laboratórne požiadavky 5 Elektrické požiadavky 8 Nepreršiteľný zdroj napájania 8 Opatrenia týkajúce sa prevádzkového prostredia 9 Usmernenia pre hostiteľskú sieť a riadiaci počítač 9 Spotrebný materiál a zariadenia dodávané požívateľom 15 História revízií 18 Technická pomoc 20 Apríl 2020 VLASTNÍCTVO SPOLOČNOSTI ILLUMINA

2 Tento dokment a jeho obsah sú vlastníctvom spoločnosti Illmina, Inc. a jej pridržených spoločností (ďalej len Illmina ) a sú rčené výlčne na zmlvné požitie zákazníka v súvislosti s požívaním výrobk (výrobkov) opísaného (opísaných) v tomto dokmente a na žiadny iný účel. Tento dokment a jeho obsah sa nesmú požívať ani šíriť na žiadny iný účel a/alebo inak poskytovať, zverejňovať alebo reprodkovať akýmkoľvek spôsobom bez predchádzajúceho písomného súhlas spoločnosti Illmina. Spoločnosť Illmina týmto dokmentom neposkytje žiadn licenci na základe patent, ochrannej známky, atorských práv alebo práv podľa zvykového práva, či podobných práv tretích strán. Pokyny v tomto dokmente msia byť prísne a výslovne dodržiavané kvalifikovaným a riadne vyškoleným personálom, aby sa zabezpečilo správne a bezpečné požívanie t popísaného výrobk (výrobkov). Pred požitím takéhoto výrobk (výrobkov) je ntné prečítať si celý obsah tohto dokment s porozmením. NEPREČÍTANIE VŠETKÝCH POKYNOV TU OBSIAHNUTÝCH A ICH VÝSLOVNÉ NEDODRŽANIE MÔŽE MAŤ ZA NÁSLEDOK POŠKODENIE VÝROBKU (VÝROBKOV), ZRANENIE OSOBY VRÁTANE POUŽÍVATEĽOV ALEBO INÝCH OSÔB, POŠKODENIE ĎALŠIEHO MAJETKU A ZRUŠENIE PLATNOSTI ZÁRUKY VZŤAHUJÚCEJ SA NA VÝROBOK (VÝROBKY). SPOLOČNOSŤ ILLUMINA NEPREBERÁ ŽIADNU ZODPOVEDNOSŤ VYPLÝVAJÚCU Z NEBEZPEČNÉHO POUŽITIA TU POPÍSANÉHO VÝROBKU (VÝROBKOV) (VRÁTANE SÚČASTÍ ALEBO SOFTVÉRU) Illmina, Inc. Všetky práva vyhradené. Všetky ochranné známky sú vlastníctvom spoločnosti Illmina, Inc. alebo príslšných vlastníkov. Informácie o konkrétnych ochranných známkach nájdete na stránke 2

3 Úvod Sprievodca obsahje špecifikácie a smernenia k príprave pracoviska na inštaláci a prevádzk sekvenčného systém iseq 100 od spoločnosti Illmina. Opatrenia pre dodanie a inštaláci Laboratórne priestorové požiadavky Elektrické požiadavky Obmedzenia týkajúce sa prevádzkového prostredia Požiadavky na výpočtovú technik Spotrebný materiál a zariadenia dodávané požívateľom Bezpečnostné opatrenia Dôležité informácie o bezpečnostných opatreniach nájdete v Sprievodcovi zabezpečením a súladom s požiadavkami sekvenčného systém iseq 100 (dokment č ). Ďalšie zdroje Ďalšie zdroje informácií o systéme sú k dispozícii na stránkach podpory sekvenčného systém iseq 100 na webovej lokalite spoločnosti Illmina. Tieto zdroje obsahjú softvér, školenia, kompatibilné prodkty a nasledjúc dokmentáci. Na stránkach podpory vždy nájdete najnovšie verzie. Zdroj Cstom Protocol Selector (Výber vlastného protokol) Schéma inštalácie sekvenčného systém iseq 100 (dokment č ) Sprievodca zabezpečením a súladom s požiadavkami sekvenčného systém iseq 100 (dokment č ) Sprievodca súladom čítačky RFID s požiadavkami (dokment č ) Sprievodca sekvenčným systémom iseq 100 (dokment č ) Popis Nástroj na generovanie podrobných pokynov prispôsobených vášm spôsob prípravy knižnice, parametrom chod a metóde analýzy. Ponúka možnosti spresnenia úrovne podrobností. Poskytje pokyny na inštaláci prístroja a jeho prvé nastavenie. Poskytje informácie o bezpečnostných aspektoch prevádzky, vyhláseniach o spôsobilosti, označovaní prístrojov a vstavanej Wi-Fi. Poskytje informácie o čítačke RFID v prístroji vrátane osvedčení o spôsobilosti a bezpečnostných aspektov. Poskytje prehľad o prístroji a súvisiacich postpoch. Súčasťo prístroja sú jeho komponenty, komponenty reagent, návod na požitie a postpy údržby a riešení problémov. Dodanie a inštalácia Systém iseq 100 môže inštalovať požívateľ. Pokyny na inštaláci obsahje dokment Schéma inštalácie sekvenčného systém iseq 100 (dokment č ), ktorý sa dodáva s prístrojom. Po inštalácii môžete prístroj presnúť a pripojiť k portom USB a iným komponentom zadného panela. Podrobné pokyny na premiestnenie prístroja obsahje dokment Sprievodca sekvenčným systémom iseq 100 (dokment č ). 3

4 Prvé nastavenie Rozbalenie a inštalácia systém iseq 100 trvá asi 30 minút. Inštalácia zahŕňa pripojenie prístroja k zdroj napájania a sieťovém zdroj, jeho zapntie a následné vykonanie postp podľa pokynov na obrazovke na vykonanie kontroly systém a konfigráci softvér. Pri kontrole systém sa vyžadje testovacia kazeta na opakované požitie a prietokový článok na opakované požitie. Vopred si pripravte laboratórny priestor, aby ste boli pripravení na rozbalenie a inštaláci systém po jeho dorčení. Ak prístroj pripájate k sieťovém kladaciem priestor, je potrebné rčiť sieť pred inštalácio. POZNÁMKA Pridanie systém do siete si môže vyžiadať dodatočný čas. Spoločnosť Illmina odporúča, aby ste sa včas obrátili na svojho zástpc IT ohľadom proces inštalácie. Ďalšie informácie nájdete v časti Usmernenia pre hostiteľskú sieť a riadiaci počítač na strane 9. Všetky komponenty potrebné na inštaláci sa dodávajú s prístrojom. Ďalšie nástroje nie sú potrebné. Zmena hesla V operačnom systéme Windows sú dve kontá: správca (sbsadmin) a štandardný požívateľ (sbsser). Pri prvom prihlásení do operačného systém msíte zmeniť heslo pre obe kontá. Operačný systém zobrazí meno požívateľa a predvolené heslo pre každé konto. Skopírjte heslo pre konto sbsadmin, potom pre konto sbsser a dokončite požadovanú zmen hesla. Nové heslá msia obsahovať aspoň 10 znakov. Pokračjte s prvým nastavením v konte sbsser. Ak chcete prispôsobiť nastavenia siete, prejdite do konta sbsadmin. Obsah prepravnej škatle Prístroj a komponenty sa dodávajú v jednej hnedej prepravnej škatli. Hnedá prepravná škatľa obsahje dve škatle: biel škatľ s prístrojom a škatľ s príslšenstvom označenú ako Príslšenstvo sekvenčného systém iseq 100. Zahrnté sú nasledjúce komponenty: Ethernetový kábel Napájací kábel Testovacia kazeta na opakované požitie pre systém iseq 100 Prietokový článok na opakované požitie pre systém iseq 100 Náhradný vzdchový filter iseq 100 Náhradná podložka na odkvapkávanie iseq 100 Schéma inštalácie sekvenčného systém iseq 100 (dokment č ) Dôležité informácie pre zákazníkov (dokment č ) POZNÁMKA Sprievodcovia, ktorí sa nedodávajú s prístrojom, vrátane sprievodc k systém, sú k dispozícii online. Pozrite si časť Ďalšie zdroje na strane 3. 4

5 Rozmery škatúľ Pri plánovaní prepravy, inštalácie a skladovania požite nasledjúce rozmery. Tabľka 1 Hnedá škatľa Miera Výška Šírka Hĺbka Hmotnosť Tabľka 2 Biela škatľa Miera Výška Šírka Hĺbka Hmotnosť Tabľka 3 Škatľa s príslšenstvom: Miera Výška Šírka Hĺbka Hmotnosť Rozmer 49,5 cm 56,3 cm 58,4 cm 21 kg Rozmer 35,6 cm 43,2 cm 43,2 cm 17 kg Rozmer 8,9 cm 33 cm 21,6 cm 0,82 kg Testovacie komponenty a náhradné diely na opakované požitie Nasledjúce položky skladjte pri izbovej teplote v pôvodnom obale: testovacia kazeta na opakované požitie, testovací prietokový článok na opakované požitie, náhradný vzdchový filter a náhradná podložka na odkvapkávanie. Podľa potreby vyberte z úložiska s cieľom údržby systém alebo riešenia problémov: Po prvom nastavení môžete testovaci kazet a prietokový článok na opakované požitie požiť pri každej ďalšej kontrole systém v bdúcnosti. Nahraďte po 5 rokoch alebo 130 požitiach podľa toho, čo nastane skôr. Šesť mesiacov po prvom nastavení sa inštalovaný vzdchový filter msí nahradiť náhradným vzdchovým filtrom. V prípade vznik netesnosti sa inštalovaná podložka na odkvapkávanie nahradí náhradno podložko na odkvapkávanie. Laboratórne požiadavky Pri nastavení laboratórneho priestor požite špecifikácie a požiadavky vedené v tejto časti. 5

6 Rozmery prístroja Miera Výška (zdvihntý monitor) Šírka Hĺbka Hmotnosť Rozmery inštalovaného prístroja 42,5 cm 30,5 cm 33 cm 16 kg Požiadavky na miestnenie Umiestnite prístroj tak, aby bol riadne ventilovaný a možňoval poskytovanie servis. Požite tieto rozmery minimálneho odstp, aby ste zabezpečili, že bde prístroj prístpný zo všetkých strán. Prístp Strany Zadná časť Vrchná časť Minimálna vzdialenosť Ponechajte aspoň 30 cm na každej strane prístroja. Ponechajte aspoň 15,25 cm za prístrojom. Ponechajte aspoň 30 cm nad prístrojom (pri sklopenom monitore). Uistite sa, že po pravej strane prístroja je možné dostať sa k vypínač na zadnom paneli. Prístroj miestnite tak, aby ste napájací kábel mohli rýchlo vytiahnť z elektrickej zásvky. Usmernenia pre laboratórne stoly Prístroj obsahje presné optické prvky. Prístroj miestnite na pevný a rovný laboratórny stôl mimo zdrojov vibrácií. Usmernenia pre vibrácie Počas sekvenovania požite nasledjúce najvhodnejšie postpy na minimalizáci kontinálnych a preršovaných vibrácií a zabezpečenie optimálneho výkon. 6

7 Laboratórny stôl držjte mimo potenciálnych zdrojov vibrácií, ako sú napríklad tieto: trepačky, vortexové mixéry, odstredivky, zásvky, skrinky a police, ktoré môž spôsobiť neúmyselné nárazy na povrch stola, stlačený vzdch alebo dsík a ďalší silný prietok vzdch. V pracovnej ličke držjte voľný priestor. Na prístroj nemiestňjte požitý spotrebný materiál ani iné laboratórne nástroje a príslšenstvo. Pri práci s prístrojom požívajte iba dotykový monitor a odporúčaný pracovný postp nakladania a vykladania spotrebného materiál. Nenarážajte na povrch prístroja. Požiadavky na skladovanie súpravy reagent v2 systém iseq 100 i1 V nasledjúcej tabľke sú vedené teploty skladovania a rozmery komponentov, ktoré sú dodávané so súpravo reagent v2 systém iseq 100 i1 rčeno na jedno požitie. Komponent Teplota pri skladnení Dĺžka Šírka Výška Kazeta -25 C až -15 C 19,6 cm 13,7 cm 13 cm Prietokový článok 2 C až 8 C* 10,2 cm 10,2 cm 2,5 cm *Dodáva sa pri izbovej teplote. Nastavenie laboratória na postpy PCR Pri niektorých spôsoboch prípravy knižnice sa vyžadje proces polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Pred začatím práce v laboratóri vytvorte vyhradené oblasti a laboratórne postpy prevencie kontaminácie prodktov PCR. Prodkty PCR môž kontaminovať reagenty, prístroje a vzorky, oneskoriť bežné operácie a spôsobiť nepresné výsledky. Oblasti pre postpy pred PCR a po PCR Požite nasledjúce pokyny na zabránenie krížovej kontaminácii. Vytvorte oblasť pred PCR na procesy pred PCR. Vytvorte oblasť po PCR na spracovanie prodktov PCR. Nepožívajte rovnakú nádob na mývanie materiálov pred PCR a materiálov po PCR. Nepožívajte rovnaký systém čistenia vody v oblasti pred PCR a v oblasti po PCR. Zásoby požité v protokoloch pred PCR kladajte v oblasti rčenej na procesy pred PCR. Podľa potreby ich presňte do oblasti na procesy po PCR. Vyhradené zariadenia a zásoby Nezdieľajte zariadenia a zásoby medzi procesmi pred PCR a po PCR. V každej oblasti vyhraďte samostatnú súprav zariadení a zásob. Vytvorte vyhradené skladovacie priestory na spotrebný materiál požívaný v každej oblasti. 7

8 Elektrické požiadavky Výkonové špecifikácie Typ Sieťové napätie Spotreba energie v špičke Špecifikácia V striedavého napätia pri 50/60 Hz 80 wattov Vyžadje sa elektrické zemnenie. Ak napätie kolíše o viac ako 10 %, je potrebný reglátor elektrického napätia. Ochranné zemnenie Server prístroja je pripojený k ochranném zemneni cez kryt. Bezpečnostné zemnenie na napájacom kábli vráti ochranné zemnenie do bezpečného stav. Pripojenie ochranného zemnenia na napájacom kábli msí byť pri požívaní tohto zariadenia v dobrom prevádzkovom stave. Napájacie káble Prístroj obsahje medzinárodnú štandardnú zásvk IEC C13 a dodáva sa s napájacím káblom špecifickým pre príslšný región. Severoamerický typ kábla má dĺžk 2,44 m. Ostatné káble majú dĺžk 2,5 m. Ak chcete získať ekvivalentné zásvky alebo napájacie káble podľa miestnych noriem, obráťte sa na dodávateľa tretej strany, ako je napríklad spoločnosť Interpower Corporation ( Nebezpečné napätie sa z prístroja odstráni iba vtedy, keď sa napájací kábel odpojí od zdroja napájania striedavým prúdom. Poistky Napájací modl obsahje dve vstpné poistky na vstpnom vysokonapäťovom vedení. Tieto poistky majú veľkosť 5 mm x 20 mm a sú dimenzované na 10 A, 250 V striedavého napätia, Slow Blow. Nepreršiteľný zdroj napájania Spoločnosť Illmina odporúča požiť vhodný nepreršiteľný zdroj napájania (UPS) s kapacito najmenej 500 VA schválený pre daný región. V nasledjúcej tabľke sú vedené tri modelové príklady. Čas chod (trvanie výkon batérie) závisí od zvoleného model UPS a od vek a kvality batérie UPS. Tabľka 4 Špecifikácia Maximálny výstpný výkon Vstpné napätie (menovité) Odporúčania podľa regiónov Japonsko APC Smart UPS 750 LCD 100 V Súčasť č. SMT750J Severná Amerika APC Smart UPS 750 VA LCD 120 V US Súčasť č. SMT750US Medzinárodné APC Smart UPS 750 VA LCD 230 V Súčasť č. SMT750I 500 W/750 VA 500 W/750 VA 500 W/750 VA 100 V striedavého napätia 120 V striedavého napätia 230 V striedavého napätia 8

9 Špecifikácia Japonsko APC Smart UPS 750 LCD 100 V Súčasť č. SMT750J Severná Amerika APC Smart UPS 750 VA LCD 120 V US Súčasť č. SMT750US Medzinárodné APC Smart UPS 750 VA LCD 230 V Súčasť č. SMT750I Vstpné pripojenie NEMA 5-15P NEMA 5-15P IEC-320 C14 Schko CEE 7/EU1-16P British BS1363A Rozmery (výška šírka hĺbka) 16,7 cm 14 cm 36 cm (6.6 in 5.5 in 14.2 in) 16 cm 13,8 cm 36,3 cm (6.3 in 5.4 in 14.3 in) Hmotnosť 13,2 kg 13,2 kg 13,2 kg Približný čas chod pri napájaní z jednotky UPS ~95 minút ~95 minút ~95 minút 15,7 cm 13,8 cm 35,8 cm (6.2 in 5.4 in 14 in) Spoločnosť Illmina nezodpovedá za prevádzk ovplyvnenú preršením napájania bez ohľad na to, či je prístroj pripojený k jednotke UPS. Štandardné napájanie záložným generátorom môže byť preršené, takže pred obnovením napájania bežne dochádza k krátkym výpadkom napájania. Opatrenia týkajúce sa prevádzkového prostredia Prvok Teplota Špecifikácia Udržjte laboratórn teplot 15 C až 30 C (22,5 C ±7,5 C). Počas prevádzky nedovoľte zmen teploty prostredia o viac ako ±2 C. Vlhkosť Udržjte nekondenzjúc relatívn vlhkosť v rozmedzí %. Nadmorská výška Kvalita vzdch Vibrácie Tepelný výstp Prístroj miestnite v nadmorskej výške do 2000 metrov. Prístroj požívajte vo vnútornom prostredí. Čistot častíc vzdch držjte na úrovni 9 podľa normy ISO (bežný izbový vzdch) alebo lepšej. Obmedzte vibrácie prostredia na kancelársk úroveň podľa normy ISO alebo na lepši. Výstp šm Maximálny výkon Tepelný výkon 80 wattov 273 BTU/h Výstp šm Vzdialenosť od prístroja < 62 db 1 m Hodnota < 62 dba je v rámci úrovne bežnej konverzácie vo vzdialenosti približne 1 m). Usmernenia pre hostiteľskú sieť a riadiaci počítač Sekvenčný systém iseq 100 je rčený na požitie so sieťo bez ohľad na to, či sú chody nakonfigrované pre sekvenčné centrm BaseSpace Seqence Hb. Pri nasledjúcich operáciách sa vyžadje externé internetové pripojenie, a to aj v prípade nepožitia sekvenčného centra BaseSpace Seqence Hb: atomatická aktalizácia riadiaceho softvér, nahrávanie údajov o výkone prístroja pre spoločnosť Illmina, 9

10 konfigrácia výstpného priečinka ako súčasti vašej siete, pomoc na diaľk od technickej podpory spoločnosti Illmina. Predvolená konfigrácia siete postačje na prenos údajov a ďalši prevádzk systém. Ak má vaša organizácia špecifické sieťové požiadavky, obráťte sa na svojho zástpc IT a požiadajte ho o pomoc s rozšírenými nastaveniami siete. Táto časť popisje smernenia týkajúce sa siete, ktoré slúžia pre odborníkov IT. Opatrenia pri prenose údajov Pri prenose údajov je možné požiť WiFi alebo Ethernet, spoľahlivejšie pripojenie však poskytje Ethernet. Variabilná intenzita siete a časté preršenia WiFi môž predĺžiť prenos údajov a oneskoriť ďalšie chody. Kým slžba Universal Copy Service (UCS) nedokončí prenos údajov predchádzajúceho chod, nie je možné začať nový chod. POZNÁMKA Preršenie WiFi počas prenos údajov nespôsobí strat údajov. WiFi je v predvolenom nastavení vypnté. Pokyny na zapntie obsahje dokment Sprievodca sekvenčným systémom iseq 100 (dokment č ). Požiadavky na kladanie údajov Sekvenčné centrm BaseSpace Seqence Hb vyžadje až 900 MB kladacieho priestor na loženie údajov, ktoré sa nahrajú pri chode. V prípade lokálne kladaných údajov požite ako referenci nasledjúce veľkosti súborov. Tieto súbory sa generjú počas sekvenovania a pri následnej analýze. Typ výstpného súbor BAM BCL FASTQ gvcf, VCF InterOp Približná veľkosť < 600 MB 850 MB 850 MB < 10 MB 3 MB Zabezpečenie siete a počítača V nasledjúcich častiach sú vedené pokyny na údržb zabezpečenia siete a počítača. Odporúčania pre konfigrácie nájdete v časti Konfigrácia operačného systém na strane 13. Zabezpečenie riadiaceho počítača Riadiaci počítač kombinje politiky obmedzenia softvér (SRP) v systéme Windows a antivírsový softvér dodávaný požívateľom, čím zvyšje zabezpečenie. Politiky obmedzenia softvér zvyšjú spoľahlivosť, integrit a spravovateľnosť počítačov v doméne. Obmedzením konfigrácií sa môž spstiť iba identifikované aplikácie. V prípade potreby vypnite alebo znova nakonfigrjte politiky obmedzenia softvér. Ďalšie informácie obsahje Sprievodca sekvenčným systémom iseq 100 (dokment č ). 10

11 Antivírsový softvér V rámci ochrany riadiaceho počítača pred vírsmi nainštaljte antivírsový softvér podľa vlastného výber. Podrobné informácie o tom, ako držať výkon systém počas aktalizácie zabezpečenia riadiaceho počítača, nájdete v článk Configring Virs Scanner Software on Illmina Seqencers (Konfigrovanie softvér na vyhľadávanie vírsov v sekvenčných nástrojoch systém Illmina) (Č. Č ). Strate údajov alebo preršeniam prevádzky môžete predísť nasledjúco konfigrácio antivírsového softvér: Nastavte stiahntie inovácií (ale nie inštaláci) antivírsového softvér bez atorizácie požívateľa. Nastavte manálne kontroly a tieto kontroly vykonávajte iba vtedy, keď sa prístroj nepožíva. Nepovoľte atomatické kontroly. Dôležité je vypntie atomatickej kontroly paketov odoslaných a prijatých prostredníctvom prepojenia TCP/IP. Kontrola antivírsového zabezpečenia portov môže zasahovať do internej systémovej komnikácie. Počas prevádzky prístroja nespúšťajte aktalizácie. Softvér aktalizjte iba vtedy, keď prístroj nie je spstený a keď je bezpečné reštartovať počítač prístroja. Po aktalizácii počítač nereštartjte atomaticky. Z ochrany súborového systém v reálnom čase vylúčte adresár aplikácií (C:\Illmina) a adresár s údajmi (D:\SeqencingRns). Vypnite program Windows Defender. Tento prodkt systém môže mať vplyv na zdroje operačného systém, ktoré požíva softvér spoločnosti Illmina. Vhodné požitie Riadiaci počítač prístroja je rčený na ovládanie sekvenovacích systémov Illmina. Z dôvodov kvality a zabezpečenia ho nepožívajte ako počítač na niverzálne požitie. Prehľadávanie web, prezeranie ov, práca s dokmentmi a iné nepotrebné činnosti môž zhoršiť výkon a spôsobiť strat údajov. Sieťové pripojenia Spoločnosť Illmina neinštalje sieťové pripojenia ani pre ne neposkytje technickú podpor. Skontroljte činnosti údržby siete a potenciálne riziká ohrozenia kompatibility so systémom iseq 100. Pri inštalácii a konfigrácii sieťového pripojenia požite tieto pokyny: Požite vyhradené 1pripojenie medzi prístrojom a systémom spravovania údajov. Toto pripojenie môžete vytvoriť priamo alebo cez sieťový prepínač. Požadovaná šírka pásma je 5 Mb/s/prístroj na nahrávanie v internej sieti, nahrávanie v sieti sekvenčného centra BaseSpace Seqence Hb a nahrávanie operačných údajov prístroja. Prepínače a ďalšie sieťové zariadenia msia mať minimáln rýchlosť pripojenia 1 gigabit za seknd. Celkové požitie na každom prepínači nesmie prekročiť menovitú rýchlosť. Vypočítajte celkovú kapacit pracovného zaťaženia na každom sieťovom prepínači. Na kapacit môže mať vplyv počet pripojených prístrojov a pomocných zariadení, ako sú napríklad tlačiarne. Ak prístroj pracje v zložitom sieťovom prostredí, požite spravované prepínače. V menej zložitých prostrediach s nižším počtom zariadení na sieti nie je potrebné požívať spravované prepínače. Káble msia byť CAT-5e alebo vyššej kvality. Prepravná škatľa obsahje odtienený sieťový kábel CAT-5e s dĺžko 3 metre. 11

12 Ak je to možné, izoljte prenosy sekvenovania od iných sieťových prenosov. Nakonfigrovanie systém iseq 100 tak, aby sa dal požiť s proxy serverom, záleží od jedinečného nastavenia vašej siete. Pokyny obsahje dokment Sprievodca sekvenčným systémom iseq 100 (dokment č ). Pripojenia riadiaceho počítača Riadiaci počítač disponje dvoma pripojeniami na sieťové rozhranie. Jedno je navrhnté na externú sieťovú komnikáci. Drhé je navrhnté len na internú systémovú komnikáci. Nevypínajte pripojenie slúžiace na internú komnikáci. Podľa predvoleného nastavenia systém získava IP adres z hostiteľskej siete prostredníctvom protokol DHCP (Dynamic Host Configration Protocol). Alternatívne si môžete vybrať statickú adres v nastaveniach siete systém Windows. Výstpné pripojenia V nasledjúcej tabľke sú vedené výstpné sieťové porty riadiaceho počítača. MAC adresa, ktorá zabezpečje sieťový prístp pre Ethernet a WiFi, je špecifická pre jednotlivé prístroje a nie je možné poskytnúť j pred odoslaním prístroja. Port Účel 80 Údaje sekvenčného centra BaseSpace Seqence Hb, údaje aplikácie Local Rn Manager (Správca lokálnych chodov) a údaje o výkone prístroja 443 Sekvenčné centrm BaseSpace Seqence Hb alebo údaje o výkone prístroja 8080 Aktalizácie softvér Domény sekvenčného centra BaseSpace Seqence Hb Nasledjúce domény poskytjú prístp zo slžby Universal Copy Service k údajom sekvenčného centra BaseSpace Seqence Hb a k údajom o výkone prístroja. Niektoré podnikové adresy obsahjú pole domény definované požívateľom. Toto vlastné pole je rezervované pre názov domény {domain}. Inštancia US Enterprise EU Enterprise AUS Enterprise Adresa {domain}.basespace.illmina.com {domain}.api.basespace.illmina.com basespace-data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace-data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com {domain}.ec1.sh.basespace.illmina.com {domain}.api.ec1.sh.basespace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3.e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com {domain}.aps2.sh.basespace.illmina.com {domain}.api.aps2.sh.basepace.illmina.com instrments.sh.basespace.illmina.com aps2-sh-prd-seq-hb-data-bcket.s3.ap-sotheast-2.amazonaws.com 12

13 Inštancia US Basic and Professional EU Basic and Professional AUS Basic and Professional GC Basic and Professional Adresa basespace.illmina.com api.basespace.illmina.com basespace-data-east.s3-external-1.amazonaws.com basespace-data-east.s3.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com ec1.sh.basespace.illmina.com api.ec1.sh.basespace.illmina.com ec1-prd-seq-hb-data-bcket.s3.e-central-1.amazonaws.com instrments.sh.basespace.illmina.com aps2.sh.basespace.illmina.com api.aps2.sh.basepace.illmina.com instrments.sh.basespace.illmina.com aps2-sh-prd-seq-hb-data-bcket.s3.ap-sotheast-2.amazonaws.com cnn1.sh.basespace.illmina.com.cn api.cnn1.sh.basespace.illmina.com.cn instrments.sh.basespace.illmina.com.cn cn-sh-cnn1-prod-seq-hb-data-bcket.s3.cn-north-1.amazonaws.com.cn Konfigrácia operačného systém Systémy Illmina sa pred odoslaním testjú a overjú, či fngjú v rámci špecifikácií. Zmeny nastavení vykonané po inštalácii môž znamenať riziko pre výkon alebo pre zabezpečenie. Nasledjúce odporúčania zmierňjú riziká pre výkon a pre zabezpečenie operačného systém. Tvorte heslá s dĺžko minimálne 10 znakov a dodržiavajte miestne politiky. Heslo si zaznamenajte. Spoločnosť Illmina nechováva prihlasovacie údaje zákazníkov a neznáme heslá nie je možné obnoviť. V prípade neznámeho hesla sa vyžadje obnovenie výrobných nastavení. Týmto obnovením sa odstránia všetky údaje zo systém a nastane prestoj. Systémové aktalizácie a ďalšie požitie pracovníkmi IT vykonávajte pomoco konta správc. Pri ostatných fnkciách požívajte požívateľské konto. Ak softvér systém nefngje správne, obráťte sa na svojho správc IT a informjte sa o možnom ršení objekt skpinovej politiky (GPO). Pri pripájaní k doméne s objektmi skpinovej politiky (GPO) môž niektoré nastavenia ovplyvniť operačný systém alebo softvér prístroja. Vypnite RDP a požite brán firewall systém Windows alebo sieťovú brán firewall (hardvér alebo softvér). Vypnite atomatické aktalizácie systém Windows. Požiadavky na heslá Pri prvom prihlásení do operačného systém je potrebné zmeniť heslá pre obe kontá (sbsadmin a sbsser). Obe heslá aktalizjte každých 180 dní po zobrazení výzvy. 13

14 Tabľka 5 Predvolené zásady tvorby hesiel Zásady História vynútenia hesiel Hraničná hodnota zamkntia Minimálna dĺžka hesla Heslo msí spĺňať nároky na komplexnosť Uloženie hesiel pomoco vratného kódovania Nastavenie Zapamätanie piatich hesiel Desať neplatných poksov o prihlásenie Desať znakov Vypnté Vypnté Aktalizácie systém Windows Aby bolo možné ovládať konfigráci a prevádzk riadiaceho počítača a zaistiť odolnejšie pracovné prostredie, je slžba Windows Update v predvolenom operačnom systéme Windows vypntá. Aktalizácie systém nie sú podporované, pretože môž ohroziť pracovné prostredie. Alternatívy zapntia slžby Windows Update sú tieto: odolnejšia ochrana pomoco brány firewall a izolácia siete (virtálna sieť LAN), sieťová izolácia kladacieho priestor pripojeného k sieti (NAS), čo možňje synchronizáci údajov so sieťo, miestny kladací priestor na USB jednotke, zabránenie nesprávnem požívani riadiaceho počítača a zabezpečenie príslšných ovládacích prvkov na základe povolenia. Politiky obmedzenia softvér Politiky obmedzenia softvér systém Windows (SRP) vyžívajú pravidlá, na základe ktorých je povolené spstenie len rčeného softvér. V prípade systém iseq 100 sú pravidlá SRP založené na certifikátoch, názvoch a príponách súborov a adresároch. Predvolené nastavenia politiky SRP povoľjú tieto pravidlá. Pracovník oddelenia IT alebo správca systém môže pridať alebo odstrániť pravidlá s cieľom prispôsobiť úroveň zabezpečenia. Pokyny nájdete v prírčke Hostiteľská sieť a technológie zabezpečenia systémov Illmina (dokment č ). Ak je systém súčasťo domény, lokálny objekt skpinovej politiky (GPO) môže atomaticky praviť pravidlá a politiky SRP vypnúť. Certifikáty Certifikát aplikácie iseq Spstiteľné súbory Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe Prípony súborov *.cfg *.lnk *.png *.tif *.txt *.xml 14

15 Adresáre %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CrrentVersion\ProgramFilesDir% %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CrrentVersion\SystemRoot% C:\CrashDmps\* C:\Illmina Maintenance Logs\* C:\Illmina Manfactring Test Reslts\* C:\Illmina\* C:\Program Files (x86)\chromim\application\* C:\Program Files (x86)\illmina\* C:\Program Files (x86)\internet Explorer\* C:\Program Files\Illmina\* C:\Program Files\Internet Explorer\* C:\Program Files\Jenoptik\* C:\Program Files\Ophir Optronics\* C:\ProgramData\Illmina\* C:\ProgramData\Package Cache\* C:\ProgramData\webex\* C:\Users\*\AppData\Local\GoToAssist Corporate\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\Citrix\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeIn\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeInLogs\* D:\Recovery\* GoToAssist Corporate Opener*.exe Zmena súbor cstomer.bat Softvér tretej strany Spoločnosť Illmina podporje iba softvér poskytntý pri inštalácii. Chrome, Java, Box a ďalší softvér tretích strán nie je testovaný a môže naršiť výkon a zabezpečenie. Napríklad program RoboCopy preršje streamovanie riadiaceho softvérového balíka. Preršenie môže spôsobiť poškodenie alebo strat údajov sekvenovania. Spotrebný materiál a zariadenia dodávané požívateľom Na sekvenovanie, údržb a riešenie problémov sa požíva nasledjúci spotrebný materiál a zariadenia dodávané požívateľom. Ďalšie informácie o týchto procesoch obsahje Sprievodca sekvenčným systémom iseq 100 (dokment č ). Spotrebný materiál na sekvenovanie Spotrebný materiál Dodávateľ Účel Jednorazové rkavice bez prášk Súprava reagent v2 systém iseq 100 i1 Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Illmina, katalógové č.: (300 cyklov) (300 cyklov, balenie po štyroch) (300 cyklov, balenie po ôsmich) Všeobecný účel. Obsahje reagenty a prietokový článok pre chod. 15

16 Spotrebný materiál Dodávateľ Účel Mikroskúmavky s objemom 1,5 ml Fisher Scientific, katalógové č alebo ekvivalentné skúmavky s nízko priľnavosťo (low-bind) Riedenie knižníc na koncentráci nanášania. Papierové tierky Špičky pipiet, 20 µl Špičky pipiet, 100 µl Pfer na opakovanú sspenzi (RSB) [Voliteľné] Tris-HCl s koncentrácio 10 mmol/l, ph 8,5 [Voliteľné] PhiX Control v3 Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Illmina, dodáva sa so súpravami na príprav knižníc Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Illmina, katalógové č. FC Vysšenie kazety po vodnom kúpeli. Riedenie a vkladanie knižníc. Riedenie a vkladanie knižníc. Riedenie knižníc na koncentráci nanášania. Náhrada pfra RSB na riedenie knižníc na koncentráci nanášania. Vykonanie chod PhiX-Only (Len s knižnico PhiX) alebo pridanie knižnice genóm PhiX (spike-in) ako kontrolného prvk. Spotrebný materiál na údržb a riešenie problémov Spotrebný materiál Dodávateľ Účel Utierky s bielidlom, 10 % VWR, katalógové č alebo ekvivalent Jednorazové rkavice bez prášk Náhradná podložka na odkvapkávanie pre systém iseq 100¹ Náhradný vzdchový filter pre systém iseq 100¹ Testovacia súprava systém iseq 100² Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Illmina, katalógové č Illmina, katalógové č Illmina, katalógové č Izopropylalkoholové tierky, 70 % VWR, katalógové č alebo ekvivalent Laboratórna tkanina bez vlákien VWR, katalógové č alebo ekvivalent Papierové tierky Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá [Voliteľné] Roztok bielidla, 10 % VWR, katalógové č (946 ml), (473 ml) alebo ekvivalent [Voliteľné] Etanolové tierky, 70 % Fisher Scientific, katalógové č alebo ekvivalent Dekontaminácia prístroja a čistenie pracovných plôch. Všeobecný účel. Výstelka odkvapkávača na absorbovanie nikntých tektín. Výmena vzdchového filtra každých šesť mesiacov. Vykonanie kontroly systém. Čistenie prístroja a testovacieho prietokového článk na opakované požitie. Sšenie podložky na odkvapkávanie a testovacieho prietokového článk na opakované požitie. Vysšenie tektiny v okolí prístroja. Čistenie pracovných plôch po dekontaminácii. Náhrada za izopropylalkoholové tierky na čistenie prístroja a testovacieho prietokového článk na opakované požitie. ¹ Prístroj sa dodáva s jedným nainštalovaným a jedným náhradným. Ak nie je v zárke, náhradné diely msí zabezpečiť požívateľ. Rozbaľte až pred požitím. ² Nahrádza testovacie komponenty na opakované požitie dodané s prístrojom po plyntí 5 rokov alebo po 130 požitiach. 16

17 Zariadenia Položka Zdroj Účel Mraznička, -25 C až -15 C Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Skladovanie kazety. Vedierko na ľad Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Odkladanie knižníc (rezervovanie na iné účely). Pipeta, 10 µl Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Riedenie knižníc na koncentráci nanášania. Pipeta, 20 µl Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Riedenie knižníc na koncentráci nanášania. Pipeta, 100 µl Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Riedenie knižníc na koncentráci nanášania. Chladnička, 2 C až 8 C Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Skladovanie prietokového článk. [Voliteľné] Klávesnica Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Doplnenie klávesnice na obrazovke. [Voliteľné] Myš Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Doplnenie rozhrania dotykovej obrazovky. [Voliteľné] Vodný kúpeľ Všeobecný dodávateľ pre laboratóriá Rozmrazenie kazety. 17

18 História revízií Dokment Dátm Popis zmeny Dokment č v07 Dokment č v06 Dokment č v05 Dokment č v04 Dokment č v03 Dokment č v02 Apríl 2020 Október 2019 Marec 2019 Agst 2018 Jún 2018 Máj 2018 Aktalizovali sa opisy softvér v časti týkajúcej sa riadiaceho softvér iseq v2.0. Počet požití testovacích komponentov na opakované požitie sa zvýšil na 130. Približná veľkosť súborov BAM sa zvýšila na < 600 MB a súborov InterOp na 3 MB. Do politík obmedzia softvér (SRP) sa pridali požiadavky na heslá a predvolené pravidlá. Súprava reagent iseq 100 i1 sa nahradila týmito súpravami: Illmina, katalógové č pre súprav reagent v2 systém iseq 100 i1. Illmina, katalógové č pre súprav reagent v2 systém iseq 100 i1, balenie po štyroch. Pridali sa domény pre prodkty AUS Enterprise, AUS Basic and Professional a GC Basic and Professional. Opravili sa údaje dodávateľa súpravy reagent iseq 100 i1. Aktalizoval sa opis riadiaceho softvér iseq v1.4, z ktorého sa odstránila požiadavka na vedenie cesty UNC pri zadávaní sieťového miestnenia výstpného priečinka. Skombinoval sa maximálny počet wattov a výška maximálneho prúd pre nepreršiteľný zdroj napájania do jedinej hodnoty, ktorá predstavje požadovaný maximálny výstpný výkon. Informácie o proxy serveri sa zlúčili s informáciami o sieťových pripojeniach. Pridali sa informácie k proxy serverom a priradené sieťové jednotky. Aktalizovali sa odporúčania týkajúce sa antivírsového softvér tak, aby vádzali aj kontrol antivírsového zabezpečenia portov a konfigráci softvér na zisťovanie vírsov v sekvenovacích zariadeniach spoločnosti Illmina (Pb. č ). Popísali sa dve pripojenia k sieťovým rozhraniam a rčilo sa, že pripojenie pre internú komnikáci nesmie byť vypnté. Aktalizovali sa skúmavky požívané na riedenie knižníc, na položk s katalógovým číslom v katalóg Fisher Scientific alebo ekvivalentné skúmavky s nízko priľnavosťo (low-bind). Aktalizovali sa katalógové čísla Illmina: Podložka na odkvapkávanie pre systém iseq pre Vzdchový filter systém iseq pre Aktalizovali sa odporúčania pre pipety a špičky pipety. Aktalizované popisy obsah prepravnej škatle zodpovedajúce štítkom. Zvýšil sa počet požití testovacích kaziet a prietokových článkov na opakované požitie na 36. Zvýšené rozmery balenia kazety. Poznámka, že prietokový článok sa dodáva pri izbovej teplote. Poznámka, že nástroj môžete po inštalácii presnúť. 18

19 Dokment Dátm Popis zmeny Dokment č v01 Dokment č v01 Dokment č v00 Febrár 2018 Febrár 2018 December 2017 Pridal sa spotrebný materiál a zariadenia dodávané požívateľmi: Illmina, katalógové č pre reagenty systém iseq 100 i1 Illmina, katalógové č pre reagenty systém iseq 100 i1 (balenie po štyroch) Illmina, katalógové č pre podložk na odkvapkávanie iseq 100 Illmina, katalógové č pre vzdchový filter systém iseq 100 VWR, katalógové č pre 10 % bieliace tierky Fischer Scientific, katalógové č pre 70 % etanolové tierky Všeobecný laboratórny dodávateľ mikropipiet, špičiek mikropipiet a voliteľného vodného kúpeľa Pridali sa informácie o prvom nastavení a zmenách hesla. Pridali sa podmienky skladovania komponentov na opakované požitie a náhradných komponentov. Pridala sa požiadavka na veľkosť kladacieho priestor 900 MB na jeden chod pre sekvenčné centrm BaseSpace Seqence Hb. Pridala sa aplikácia Local Rn Manager (Správca lokálnych chodov) do port 80 pre odchádzajúce pripojenia. Pridalo sa odporúčanie o správnom požívaní konta správc a požívateľského konta. Uviedlo sa, že laboratórne stoly msia by rovné. Objasnilo sa, ako systém získava IP adres. Objasnilo sa, kedy sa majú požívať spravované prepínače. Aktalizovali sa vzorové modely nepreršiteľného zdroja napájania (UPS). Aktalizovala sa konfigrácia prepravnej škatle: Pridali sa rozmery a hmotnosť škatle s príslšenstvom. Opravili sa informácie o dokmentoch, ktoré sa s prístrojom dodávajú. Premenovala sa súprava reagentov na reagenty systém iseq 100 i1. Premenoval sa dokment č na Schéma inštalácie sekvenčného systém iseq 100. Odstránilo sa odporúčanie na chovanie oprávnení správc pre požívateľov. Odstránili sa rozmery komponentov pre súpravy balené po štyroch, ktoré majú rovnaké rozmery ako súpravy balené po jednom. Odstránila sa vylepšená súprava nástrojov na obmedzenie rizika (Enhanced Mitigation Experience Toolkit, EMET). Úvodné vydanie. 19

20 Technická pomoc Technickú pomoc vám poskytne technická podpora spoločnosti Illmina. Webová lokalita: Telefónne čísla oddelenia zákazníckej podpory spoločnosti Illmina Región Bezplatné Regionálne Severná Amerika Astrália Belgicko Čína Dánsko Fínsko Francúzsko Holandsko Hongkong, Čína Írsko Japonsko Jžná Kórea Nemecko Nórsko Nový Zéland Rakúsko Singapr Spojené kráľovstvo Španielsko Švajčiarsko Švédsko Taiwan, Čína Taliansko Ostatné krajiny Karty bezpečnostných údajov (Safety data sheets, SDS) k dispozícii na webovej lokalite spoločnosti Illmina na stránke spport.illmina.com/sds.html. Prodktová dokmentácia k dispozícii na stiahntie z webovej lokality spport.illmina.com. 20

21 Illmina 5200 Illmina Way San Diego, California U.S.A ILMN (4566) (okrem Severnej Ameriky) Illmina, Inc. Všetky práva vyhradené.