V rámci projektu hodnotenia vedeckých tímov na SAV potrebujeme bližšie informácie o skupine výskumných pracovníkov, ktorú vediete - o tíme a jeho činn

Prepis

1 V rámci projektu hodnotenia vedeckých tímov na SAV potrebujeme bližšie informácie o skupine výskumných pracovníkov, ktorú vediete - o tíme a jeho činnosti. Pretože si vážime váš čas, dotazník sa zameriava na jednoduché údaje, ktoré by nemali predstavovať veľkú administratívnu záťaž. Prosím, dotazník vyplňte a pošlite najneskôr do 17. mája Vaše odpovede sú dôležité pre objektívne posúdenie vedeckých tímov, prosíme preto, aby ste ich vypracovaniu venovali primeranú pozornosť. Za vedecký tím pre účely tohto dotazníka považujeme skupinu výskumných pracovníkov, ktorí sa venujú jednej alebo viacerým vedeckým témam, pričom na riešení otázok v rámci týchto tém úzko spolupracujú. Predpokladáme, že takáto spolupráca sa prejaví v tom, že členovia tímu majú viaceré spoločné vedecké výstupy, prípadne sa na svoje vedecké výstupy vzájomne odkazujú (tj., sú spoluautormi publikácií a publikácie iných členov tímu nezriedka citujú). Nie je dôležité, či sú z jedného oddelenia/ústavu/pracoviska. Tím vedie významná vedecká osobnosť alebo osobnosti. Ak uplatníme tieto kritériá mechanicky, môže sa stať, že do tímu zaradíme niekoho, kto tam nepatrí (napr. autora metodiky, ktorú tím využíva), naopak, vynecháme člena tímu, ktotý svoje výstupy dosahuje a publikuje samostatnejšie. Preto by sme vás chceli požiadať o spoluprácu pri finalizovaní zoznamu členov tímu, ktorý vediete. 1) Prosím preštudujte si priložený zoznam členov vášho tímu, ktorý sme získali predbežnou scientometrickou analýzou publikačnej činnosti a ohlasov na ňu. Ak je to potrebné, prosím preškrtnite pracovníkov, ktorí nie sú členmi vášho tímu, prípadne dopíšte členov tímu, ktorí sa nenachádzajú na danom zozname. Meno [prepočítaný ročný úväzok] Kormanec J [100], narodený 1959; CSc 1991; DrSc 2002; na SAV od roku 1984 nepretržite; FTE 100% každý rok. Režuchová B [100], narodený 1962; Ing 1986; na SAV od roku 1988 nepretržite; FTE 100% každý rok. Homerová D [100], narodený 1953; CSc 1996; na SAV od roku 1986 nepretržite; FTE 100% každý rok. Fecková Ľ [100], narodený 1962; RNDr 1986; na SAV od roku 1988 nepretržite; FTE 100% každý rok. Ševčíková B [100], narodený 1956; RNDr 1984; na SAV od roku 1984 nepretržite; FTE 100% každý rok. Nováková R [100], narodený 1970; CSc 1998; na SAV od roku 1994 nepretržite; FTE 100% každý rok. Kutaš P [PhD], narodený 1983; PhD študent v rokoch Mazuraková V [PhD], narodený 1980; PhD študent v rokoch Mitická-Škovierová H [PhD], narodený 1978; PhD študent v rokoch Sprušanský O [PhD], narodený 1973; PhD študent v rokoch Potúčková L narodený 1959; RNDr 1984; na SAV od roku 1984 nepretržite po rok 1995; FTE 100% každý rok. Členka nášho týmu od roku 1991 po Farkašovský M narodený 1961; CSc 1991; na SAV od roku 1985 nepretržite po rok 1992; FTE 100% každý rok. Potom 10 rokov v Nemecku na zahraničnej stáži. Člen nášho týmu od roku 1990 po ) Ku každému členovi tímu zo SAV prosím doplňte: a) rok narodenia, b) rok ukončenia doktorandského štúdia, c) odkedy (prípadne v akých obdobiach v minulosti, ak bolo jeho pôsobenie prerušené) daný pracovník pôsobí na SAV, d) názvy inštitúcií, kde vedec za posledných 10 rokov (od 2001 vrátane) pôsobil aspoň tri mesiace, e) 'full-time equivalent' (FTE) úväzku členov tímu na SAV od roku 2001 (po rokoch). 3) Uveďte prosím vedecké výstupy, ktoré si váš tím cení najviac. 1

2 a) 10 najhodnotnejších publikácií členov tímu celkovo (aj z obdobia, keď ešte neboli členmi tímu, prípadne články, ktoré publikovali na tému, ktorej sa tím nevenuje). Všetky uvedené práce sú práce nášho týmu ako aj riešenej problematiky. 1, Kormanec, J., Farkašovský, M., Potúčková, L.: Four genes in Streptomyces aureofaciens containing a domain characteristic of principal sigma factors. Gene 122 (1992) , Kormanec, J. and Farkašovský, M.: Differential expression of principal sigma factor homologues of Streptomyces aureofaciens correlates with the developmental stage. Nucleic Acids Res. 21 (1993) , Potúčková, L., Kelemen, G.H., Findlay, K.C., Lonetto, M.A., Buttner, M.J. and Kormanec, J.: A new RNA polymerase sigma factor, SigF, is required for the late stages of morphological differentiation in Streptomyces spp. Molec. Microbiol. 17 (1995) , Kelemen, G.H., Brown, G.L., Kormanec, J., Potúčková, L., Chater, K.F., Buttner, M.J.: The positions of the sigma-factor genes, whig and sigf, in the hierarchy controlling the development of spore chains in the aerial hyphae of Streptomyces coelicolor A3(2). Mol. Microbiol. 21 (1996) , Kormanec, J., Ševčíková, B., Halgašová, N., Knirschová, R., Řežuchová, B.: Identification and transcriptional characterization of the gene encoding the stress-response sigma factor SigH in Streptomyces coelicolor A3(2). FEMS Microbiol. Lett. 189 (2000) , Ševčíková, B., Benada, O., Kofroňova, O., Kormanec, J.: Stress-response sigma factor SigH is essential for morphological differentiation of Streptomyces coelicolor A3(2). Arch. Microbiol. 177 (2001) , Novakova, R., Bistakova, J., Homerova, D., Rezuchova, B., Kormanec, J.: Cloning and characterization of a polyketide synthase gene cluster involved in biosynthesis of a proposed angucycline-like polyketide auricin in Streptomyces aureofaciens CCM Gene 297 (2002) , Rezuchova B, Miticka H, Homerova D, Roberts M, Kormanec J.: New members of the Escherichia coli RpoE regulon identified by a two-plasmid system. FEMS Microbiol. Lett. 225 (2003) , Skovierova, H., Rowley, G., Rezuchova, B., Homerova, D., Lewis, C., Roberts, M., Kormanec, J.: Identification of the RpoE regulon of Salmonella enterica serovar Typhimurium. Microbiology-SGM 152 (2006) b) 10 najhodnotnejších publikácií tímu od roku 2001 (nie nutne podľa počtu citácií) 2

3 1, Ševčíková, B., Benada, O., Kofroňova, O., Kormanec, J.: Stress-response sigma factor SigH is essential for morphological differentiation of Streptomyces coelicolor A3(2). Arch. Microbiol. 177 (2001) , Kormanec, J., Sevcikova, B.: The stress-response sigma factor SigH controls the expression of ssgb, a homologue of the sporulation-specific cell division gene ssga in Streptomyces coelicolor A3(2). Mol. Genet. Genom. 267 (2002) , Novakova, R., Bistakova, J., Homerova, D., Rezuchova, B., Kormanec, J.: Cloning and characterization of a polyketide synthase gene cluster involved in biosynthesis of a proposed angucycline-like polyketide auricin in Streptomyces aureofaciens CCM Gene 297 (2002) , Rezuchova B, Miticka H, Homerova D, Roberts M, Kormanec J.: New members of the Escherichia coli RpoE regulon identified by a two-plasmid system. FEMS Microbiol. Lett. 225 (2003) , Miticka H, Rowley, G., Rezuchova B,, Homerova D, Humphreys, S., Farn, J., Roberts M, Kormanec J.: Transcriptional analysis of the rpoe gene encoding extracytoplasmic stress response sigma factor RpoE in Salmonella enterica serovar Typhimurium. FEMS Microbiol. Lett. 226 (2003) , Bischoff, M., Dunman, P., Kormanec, J., Macapagal, D., Murphy, E., Mounts, W., Berger- Bächi, B., Projan, S.: Microarray-based analysis of the Staphylococcus aureus SigB-regulon. J. Bacteriol. 186 (2004) , Novakova, R., Homerova, D., Feckova, L., Kormanec, J.: Characterization of a regulatory gene essential for the production of the angucycline-like polyketide antibiotic auricin in Streptomyces aureofaciens CCM Microbiology-SGM 151 (2005) , Senn, M. M., Giachino, P., Homerova, D., Steinhuber, A., Strassner, J., Kormanec, J., Flückiger, U., Berger-Bächi, B., Bischoff, M.: Molecular analysis and organization of the SigB operon in Staphylococcus aureus. J. Bacteriol. 187 (2005) , Skovierova, H., Rowley, G., Rezuchova, B., Homerova, D., Lewis, C., Roberts, M., Kormanec, J.: Identification of the RpoE regulon of Salmonella enterica serovar Typhimurium. Microbiology-SGM 152 (2006)

4 10, Rowley, G., Spector, M., Kormanec, J., Roberts, M.: Pushing the envelope: extracytoplasmic stress responses in bacterial pathogens. Nature Reviews Microbiology 4 (2006) c) ktoré sú 3 najdôležitejšie články tímu za posledné dva roky (od 2009 vrátane) 1, Sevcikova, B., Rezuchova, B., Homerova, D., Kormanec, J.: The anti-anti sigma factor BldG is involved in activation of stress-response sigma factor SigH in Streptomyces coelicolor A3(2). J. Bacteriol.192 (2010) , Novakova, R., Kutas, P., Feckova, L., Kormanec, J.: The role of the TetR-family transcriptional regulator Aur1R in negative regulation of the auricin gene cluster in Streptomyces aureofaciens CCM Microbiology-SGM 156 (2010) , Lewis, C., Skovierova, H., Rowley, G., Rezuchova, B., Homerova, D., Stevenson, A., Spencer, J., Farn, J., Kormanec, J., Roberts, M: Salmonella enterica Serovar Typhimurium HtrA: regulation of expression and role of the chaperone and protease activities during infection. Microbiology-SGM 155 (2009) d) iné hodnotné výstupy f) vyberte prosím jeden z uvedených výstupov ako najcennejší a stručne váš výber odôvodnite. Skovierova, H., Rowley, G., Rezuchova, B., Homerova, D., Lewis, C., Roberts, M., Kormanec, J.: Identification of the RpoE regulon of Salmonella enterica serovar Typhimurium. Microbiology-SGM 152 (2006) V tejto práci sme identifikovali regulón (súbor génov) riadených stresovým sigma faktorom RpoE u patogénnej baktérie Salmonella enterica Serovar Typhimurium, z ktorých viaceré sa v neskorších prácach ukázali ako dôležité pre proces virulencie tohto patogénu. 4) Napíšte prosím percentuálnu štruktúru finančných zdrojov, ktorými financujete váš výskum (VEGA, APVV, RP EU, iné zahraničné granty [menovite], kontrakty s privátnym sektorom a pod.) VEGA 30%; APVV 70% 5) Prosím špecifikujte zaradenie tímu do vedného odboru a) akým témam sa venuje váš tím (vrátane tém, ktorým sa venoval v posledných desiatich rokoch)? Prosím o stručný opis všetkých tém. Náš tým sa venuje trom dominantným témam a to: 1, Štúdium regulácie morfologickej diferenciácie s dôrazom na heterogenitu kľúčových proteínov regulácie génovej expresie, sigma faktorom RNA polymerázy, u modelových baktérii rodu Streptomyces, ktoré podliehajú výnimočnému procesu bunkovej diferenciácie, ktorý je regulačne sprevádzaný torbou väčšiny známych antibiotík. 2, Štúdium regulácie biosyntézy antibiotík u streptomycét. 4

5 3, Štúdium regulácie procesov patogenicity u niektorých patogénnych baktérii (Salmonella typhimurium, Staphylococcus aureus, Mycobacterium tuberculosis) s dôrazom na úlohu sigma faktorov RNA polymerázy v tomto procese. b) ktoré tímy vo svete (postačí pracovisko a vedúca osobnosť) sa venujú podobným témam (sú vám najbližšie?) Takýchto tímov je veľké množstvo. Ak by som sa zameral iba na tému diferenciácie streptomycét tak by som mohol uviesť aspoň: 1, Jung-Hye Roe, Soul National University, Soul, Korea 2, Mark J. Buttner, John Innes Institute, Norwich, UK 3, Gabriela H Kelemen, University of East Anglia, Norwich, UK 4, Kenji Ueda, Nihon University, Fujisawa, Japan, 5, Brenda K Leskiw, Universitz of Alberta, Alberta, Canada 6, Paul Dyson, Swansea University, Swansea, UK c) ktorý vedecký tím (pracovisko a vedúca osobnosť) je v danej oblasti/oblastiach vo svete podľa vás najlepší? V oblasti heterogenity sigma faktorov RNA polymerázy u streptomycét je to: Mark J. Buttner, John Innes Institute, Norwich, UK d) ktorých je 5 najuznávanejších vedeckých časopisov vo vašom odbore (ak pracujete vo viacerých odboroch, napíšte 5 najuznávanejších časopisov pre každý odbor) Molecular Microbiology Journal of Bacteriology Microbiology-SGM Gene Nucleic Acids Research e) podčiarknite vedeckú disciplínu s ktorou sa najviac identifikujete (iba jednu): Agricultural Sciences Biology & Biochemistry Chemistry Clinical Medicine Computer Science Economics & Business Engineering Environment/Ecology Geosciences Immunology Materials Science Mathematics Microbiology Molecular Biology & Genetics Multidisciplinary Neuroscience & Behavior Pharmacology & Toxicology Physics Plant & Animal Science Psychiatry/Psychology Social Sciences, General Space Science 5

6 f) z nasledujúceho podrobného zoznamu odborov prosím podčiarknite všetky, ktorým venuje váš tím významnú časť vedeckého úsilia (nie tie, ktorým sa venuje len okrajovo): 6

7 Acoustics Agricultural Economics & Policy Agricultural Engineering Agriculture, Dairy & Animal Science Agronomy Allergy Anatomy & Morphology Andrology Anesthesiology Anthropology Archaeology Architecture Area Studies Art Asian Studies Astronomy & Astrophysics Automation & Control Systems Behavioral Sciences Biochemical Research Methods Biochemistry & Molecular Biology Biodiversity Conservation Biology Biophysics Biotechnology & Applied Microbiology Business, Finance Cardiac & Cardiovascular Systems Cell & Tissue Engineering Cell Biology Chemistry, Analytical Chemistry, Applied Chemistry, Inorganic & Nuclear Chemistry, Medicinal Chemistry, Multidisciplinary Chemistry, Organic Chemistry, Physical Classics Clinical Neurology Communication Computer Science, Artificial Intelligence Computer Science, Cybernetics Computer Science,Hardware&Architecture Computer Science, Information Systems Computer Science, Interdiscip.Applications Computer Science, Software Engineering Computer Science, Theory & Methods Construction & Building Technology Criminology & Penology Critical Care Medicine Crystallography Cultural Studies Dance Demography Dentistry, Oral Surgery & Medicine Dermatology Developmental Biology Ecology Economics Education & Educational Research Education, Scientific Disciplines Education, Special Electrochemistry Emergency Medicine Endocrinology & Metabolism Energy & Fuels Engineering, Aerospace Engineering, Biomedical Engineering, Chemical Engineering, Civil Engineering, Electrical & Electronic Engineering, Environmental Engineering, Geological Engineering, Industrial Engineering, Manufacturing Engineering, Marine Engineering, Mechanical Engineering, Multidisciplinary Engineering, Ocean Engineering, Petroleum Entomology Environmental Sciences Environmental Studies Ergonomics Ethics Ethnic Studies Evolutionary Biology Family Studies Film, Radio, Television Fisheries Folklore Food Science & Technology 7 Forestry Gastroenterology & Hepatology Genetics & Heredity Geochemistry & Geophysics Geography Geography, Physical Geology Geosciences, Multidisciplinary Geriatrics & Gerontology Gerontology Health Care Sciences & Services Health Policy & Services Hematology History History & Philosophy Of Science History Of Social Sciences Horticulture Hospitality, Leisure, Sport & Tourism Humanities, Multidisciplinary Imaging Science & Photographic Technology Immunology Industrial Relations & Labor Infectious Diseases Information Science & Library Science Instruments & Instrumentation Integrative & Complementary Medicine International Relations Language & Linguistics Law Limnology Linguistics Literature Management Marine & Freshwater Biology Materials Science, Biomaterials Materials Science, Ceramics Materials Science, Characterization & Testing Materials Science, Coatings & Films Materials Science, Composites Materials Science, Multidisciplinary Materials Science, Paper & Wood Materials Science, Textiles Mathematical & Computational Biology Mathematics Mathematics, Applied

8 Mathematics, Interdisciplinary Applications Mechanics Medical Ethics Medical Informatics Medical Laboratory Technology Medicine, General & Internal Medicine, Legal Medicine, Research & Experimental Medieval & Renaissance Studies Metallurgy & Metallurgical Engineering Meteorology & Atmospheric Sciences Microbiology Microscopy Mineralogy Mining & Mineral Processing Multidisciplinary Sciences Music Mycology Nanoscience & Nanotechnology Neuroimaging Neurosciences Nuclear Science & Technology Nursing Nutrition & Dietetics Obstetrics & Gynecology Oceanography Oncology Operations Research & Management Science Ophthalmology Optics Ornithology Orthopedics Otorhinolaryngology Paleontology Parasitology Pathology Rehabilitation Pediatrics Religion Peripheral Vascular Disease Remote Sensing Pharmacology & Pharmacy Reproductive Biology Philosophy Respiratory System Physics, Applied Rheumatology Physics, Atomic, Molecular & Chemical Robotics Physics, Condensed Matter Social Issues Physics, Fluids & Plasmas Social Sciences, Biomedical Physics, Mathematical Social Sciences, Interdisciplinary Physics, Multidisciplinary Social Sciences, Mathematical Methods Physics, Nuclear Social Work Physics, Particles & Fields Sociology Physiology Soil Science Planning & Development Spectroscopy Plant Sciences Sport Sciences Poetry Statistics & Probability Political Science Substance Abuse Polymer Science Surgery Primary Health Care Telecommunications Psychiatry Theater Psychology Thermodynamics Psychology, Applied Toxicology Psychology, Biological Transplantation Psychology, Clinical Transportation Psychology, Developmental Transportation Science & Technology Psychology, Educational Tropical Medicine Psychology, Experimental Urban Studies Psychology, Mathematical Urology & Nephrology Psychology, Multidisciplinary Veterinary Sciences Psychology, Psychoanalysis Virology Psychology, Social Water Resources Public Administration Women's Studies Public, Environmental & Occupational Health Zoology Radiology, Nuclear Medicine & Medical Imaging 8